基于线粒体COI基因序列的4个海域口虾蛄群体的遗传多样性研究     

董鑫  邢坤  隋宥珍  刘海映 《海洋科学》2015,39(7):29-36

为比较中国不同海域口虾蛄(Oratosqilla oratoria)群体的遗传特性, 作者对采自皮口、绥中、青岛和广州4 个海域的口虾蛄群体的线粒体COI基因序列进行扩增和测序, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。获得585bp 的口虾蛄线粒体COI基因序列, 发现变异位点54 个, 占总位点数的9.2%。COI基因序列A+T 含量(64.8%)显著高于G+T 含量(35.2%), 符合节肢动物线粒体DNA 碱基组成的特点。转换与颠换的平均比值是7.84, 碱基替换未达到饱和。100 个样本的线粒体COI基因序列共定义35 个单倍型, 单倍型多样性(Hd)为0.9162, 平均核苷酸多样性(π)为0.0203。4 个群体均具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性的特点, 说明4 个海域口虾蛄的遗传多样性均处于中等水平, 但广州海域的遗传多样性水平最高。AMOVA 分析表明, 来自于群体间的遗传差异(84.53%)明显高于来自群体内的差异(15.47%)。遗传分化系数(F_st)表明皮口、绥中、青岛3 个海域间几乎没有发生分化(F_st<0), 而广州海域口虾蛄遗传分化较大。从GenBank 上下载了19 条粤东海域口虾蛄的同源序列与本实验获得序列共同构建NJ 系统发育树, 结果显示皮口、绥中、青岛聚为一支, 广州和粤东(深圳和汕尾)聚为另一支。单倍型系统发育树和单倍型进化网络关系图均显示出广州海域口虾蛄群体较大的遗传分化。  相似文献   

海洋酸化对马氏珠母贝珍珠层形成的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

董冰冰  黄荣莲  王庆恒  郑哲  焦钰  邓岳文  杜晓东 《海洋科学》2015,39(8):39-46

分析了酸化环境对马氏珠母贝珍珠层形成的影响。在温度为28℃,盐度为31的条件下,分别在p H 8.2(对照组,CG)、p H 7.7(实验一组,E1)和p H 7.4(实验二组,E2)的海水中养殖马氏珠母贝,观察贝壳珍珠层结晶形貌的变化,并检测珍珠层形成相关的矿化基因(pif177、nacrein及pearlin)在外套膜中央区(mantle center,MC)的表达。结果表明:(1)通过扫描电镜观察贝壳,比较对照组与实验组贝壳晶体形貌变化,发现E1组贝壳珍珠层低倍镜下,生长阶梯明显,高倍镜下超微结构规则,六边形棱角不明显,但边界清晰;而E2组出现板块边界不明显,生长排列不规则等现象,说明了海水酸化影响了马氏珠母贝的钙沉积,引起珍珠层形貌特征的变化;(2)实验设定条件下,pif177、nacrein及pearlin基因表达量整体上呈现随p H降低而降低的变化趋势。其中,E1组与CG组间均无显著性差异(P0.05),E2组均较CG组显著下调(P0.05)。  相似文献   

DNA barcode assessment of Ceramiales (Rhodophyta) in the intertidal zone of the northwestern Yellow Sea   总被引：1，自引：0，他引：1  

杜国英  吴菲菲  郭皓  薛红凡  茅云翔 《中国海洋湖沼学报》2015,33(3):685-695

A total of 142 specimens of Ceramiales(Rhodophyta) were collected each month from October 2011 to November 2012 in the intertidal zone of the northwestern Yellow Sea. These specimens covered 21 species,14 genera,and four families. Cluster analyses show that the specimens had a high diversity for the three DNA markers,namely,partial large subunit r RNA gene(LSU),universal plastid amplicon(UPA),and partial mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene(COI). No intraspecific divergence was found in our collection for these markers,except for a 1–3 bp divergence in the COI of Ceramium kondoi,Symphyocladia latiuscula,and Neosiphonia japonica. Because short DNA markers were used,the phylogenetic relationships of higher taxonomic levels were hard to evaluate with poor branch support. More than half species of our collection failed to find their matched sequences owing to shortage information of DNA barcodes for macroalgae in Gen Bank or BOLD(Barcode of Life Data) Systems. Three specimens were presumed as H eterosiphonia crispella by cluster analyses on DNA barcodes assisted by morphological identification,which was the first record in the investigated area,implying that it might be a cryptic or invasive species in the coastal area of northwestern Yellow Sea. In the neighbor-joining trees of all three DNA markers,H eterosiphonia japonica converged with D asya spp. and was distant from the other Heterosiphonia spp.,implying that H. japonica had affinities to the genus Dasya. The LSU and UPA markers amplified and sequenced easier than the COI marker across the Ceramiales species,but the COI had a higher ability to discriminate between species.  相似文献   

地理国情监测中地理格网的生成方法与应用     

董春  白少云  叶剑 《测绘科学》2015,40(7):54-57

地理国情监测除获取基础地理信息之外,更加关注社会专题信息,因此,需要将基础地理信息与社会专题信息进行有效整合。该文根据最新的地理格网国家标准文件,按照区域内的具体情况和统计分析要求,制作地理格网文件,并以川西城市群人口数据为例,生成了人口格网化专题地图,为接下来的综合地理国情信息的统计分析与评估给予了一定的启示,促进了地理国情监测工作的开展。  相似文献   

中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码   总被引：1，自引：0，他引：1  

张晓洁  孔令锋  李琪 《海洋与湖沼》2018,49(3):614-623

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。  相似文献   

青蛤(Cyclina sinensis)IKK基因的克隆及其在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激下的表达分析     

侯梓园  高姗  潘宝平  闫春财 《海洋与湖沼》2019,50(2):437-442

利用构建的青蛤(Cyclina sinensis)转录组文库,筛选到青蛤IKK基因的类似序列。经设计引物克隆比对后确认为CsIKK基因。利用生物信息学软件在线对该基因进行结构分析。采用PCR技术克隆基因,并使用实时荧光定量PCR技术克隆得到CsIKK基因在青蛤五个不同组织中的表达情况及在鳗弧菌(Vibrioanguillarum)的刺激下IKK基因在青蛤血淋巴中的时序性表达情况。综合结果得到, CsIKK基因序列开放阅读框长2298bp,编码765个氨基酸。IKK基因在青蛤的血淋巴、外套膜、闭壳肌、肝脏、性腺和鳃六个组织中均表达,在血淋巴中表达量最高。青蛤IKK基因在鳗弧菌胁迫下表达量在6h时达到最大值,与对照组相比差异极显著(P0.01),表明该基因所指导的蛋白是青蛤重要的免疫信号通路蛋白。  相似文献   

多氯联苯(Aroclor 1242)胁迫下鲤鱼肝脏组织氧化应激   总被引：1，自引：0，他引：1  

王仁君  王建国  丁宁  孙萌  高配科 《海洋与湖沼》2018,49(6):1286-1293

本文在实验室条件下通过静态水质染毒方式在生理生化和转录水平上探究了我国重要经济鱼种鲤鱼(Cyprinus carpioio)对多氯联苯Aroclor 1242的氧化应激:鲤鱼肝脏组织抗氧化酶[超氧化物歧化酶(SuperoxideDismutase,SOD)和过氧化氢酶(Catalase,CAT)]活性、脂质过氧化产物丙二醛(Malonydialdehyde,MDA)含量、相关抗氧化酶编码基因(Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、CAT)、应激蛋白HSP70、转录因子Nrf2和芳烃受体AhR2基因表达。结果表明:Aroclor 1242胁迫下,鲤鱼肝脏组织抗氧化酶活性表现出低浓度促进高浓度抑制的趋势;肝脏组织丙二醛含量显著升高,其中390μg/L暴露组鲤鱼肝脏组织MDA含量在第6d高于对照组92.1%(P0.01),表明肝脏组织发生脂质过氧化,膜系统受到损伤;鲤鱼肝脏组织中Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、CAT、HSP70、Nrf2和AhR2编码基因表达出现不同程度下调。本文从酶学和基因转录水平上揭示了Aroclor1242胁迫下鲤鱼肝脏组织细胞的氧化应激。  相似文献   

苯并[a]芘(BaP)对褐菖鲉(Sebasticus marmoratus)肝CYP1A1酶活性、基因表达及蛋白表达的影响     

孙文静  王晓艳  祁鹏志  张建设  吴常文 《海洋与湖沼》2018,49(4):897-903

为了了解苯并[a]芘(BaP)对鱼类细胞色素P4501A1(CYP1A1)表达的影响,以褐菖鲉(Sebasticus marmoratus)为实验材料,采用体内实验,研究其在经过不同浓度(0.1、1、10、20、50mg/kg鱼体重量)的BaP诱导后,鱼体肝脏研究CYP1A1基因表达的情况,筛选出后续时间-效应实验中BaP注射的最佳浓度,研究BaP诱导6h、12h、1d、3d、7d后(质量浓度为20mg/kg鱼体重量)鱼体肝脏CYP1A1酶活性、基因表达和蛋白表达的情况。结果表明:剂量-效应实验中,20mg/kg鱼体重量为最佳浓度,此浓度下,基因表达在各组中变化最显著。时间-效应实验中,较空白对照组而言,染毒6h、12h和1d后,EROD酶活性显著增加。3d后开始下降,与对照组相比变化不大,7d后酶活性又发生上调。半定量RT-PCR结果表明,各染毒组与对照组相比,CYP1A1基因表达量都发生了上调,呈现先上升后下降的趋势。其中,6h和12h组相对表达量极显著增加,1d后开始下降且与3d和7d组相比变化不明显。Western blot结果表明,蛋白表达量在染毒12h后表现出显著的诱导效应,随着时间的延长略有回落,但与对照组相比仍有显著性差异。研究表明:BaP对褐菖鲉CYP1A1具有较强的诱导作用。一定质量浓度的BaP注射于褐菖鲉不同的时间后,能诱导褐菖鲉活体EROD酶活性、CYP1A1基因m RNA表达及蛋白表达,并随着时间的延长呈现先诱导后抑制的趋势。这说明BaP作为诱导剂对CYP1A1酶活性和蛋白表达的作用机制可能与调控CYP1A1的转录水平有关。  相似文献   

栉孔扇贝精巢组织细胞的体外培养及特征分析     

房莎  刘丹雯  李茜茜  秦贞奎  张志峰 《海洋通报》2018,(4):424-429

本研究建立了一个栉孔扇贝精巢组织细胞的原代培养体系,鉴定了原代细胞的功能基因表达特征。结果显示,原代培养体系中的精巢细胞以圆形细胞为主,直径为4~11μm,其在体外已存活9个月以上。使用栉孔扇贝vasa基因(生殖细胞标记基因)的地高辛RNA探针和原位杂交技术检测,约98%的原代细胞呈阳性。利用免疫组化技术鉴定了栉孔扇贝SCP3、KLF4、PIWI、C-MYC、SOX9和SOX17在这些细胞中的表达特征,发现这些靶蛋白在精巢原代细胞中的表达特征与栉孔扇贝精巢中的细胞定位基本一致。上述结果表明,本实验所获得的原代细胞以生殖细胞为主,它们保留了栉孔扇贝雄性生殖细胞原有的基因表达特征,可以用于贝类精子发生和性别相关的功能基因研究。  相似文献   

运用GD-PBIBD编码的矢量空间数据数字指纹算法     

陈金萍  张黎明  蒋美容  王昊 《测绘通报》2020,(8):81

针对矢量空间数据叛逆者追踪难及编码效率低的问题，本文提出了一种运用GD-PBIBD码的指纹算法。首先运用GD-PBIBD构造指纹编码，将待嵌入指纹序列运用Logistic映射置乱，通过D-P算法提取矢量空间数据的特征点，对特征点实施DFT变换得到相位系数和幅度系数；然后运用QIM方法将指纹嵌入DFT变换域的幅度系数上；最后应用DFT逆变换得到含指纹的矢量空间数据。试验选取部分中国路网数据和某区域绿地数据，运用该算法嵌入指纹后，对其进行线性和非线性模拟攻击，成功提取指纹序列，利用汉明距离追踪出合谋者。该算法编码构造简单，在码长一定的情况下，较BIBD码可容纳更多的用户，效率高；算法抗单用户指纹攻击及多重攻击的稳健性较好，也能够抵抗多用户最小值和最大最小值攻击，追踪到所有叛逆者，可用于矢量空间数据版权保护，为矢量空间数据叛逆者追踪提供依据。  相似文献